Vấn đề nổi cộm và bức xúc của TP. Hội An hiện nay là sự quá tải về rác thải, nước thải cục bộ từng khu dân cư và cả trên diện rộng. Chính quyền thành phố Hội An đã và đang nỗ lực thực hiện nhiều dự án nhằm giải quyết vấn đề về ô nhiễm môi trường, tạo cảnh quan sinh thái, góp phần cải thiện đời sống người dân.
Nhà máy xử lý rác thải hữu cơ công suất 80 - 100 tấn/ngày đêm nhưng khi đưa vào vận hành, nhà máy này chỉ đạt tối đa 50 tấn/ngày đêm Tính đến nay, TP. Hội An mới chỉ xây dựng được 1 nhà máy xử lý rác thải và 1 lò đốt rác với công suất 80 - 100 tấn/ngày đêm (theo công suất thiết kế). Tuy nhiên, khi đưa vào vận hành, nhà máy này chỉ đạt tối đa 50 tấn/ngày đêm. Trong khi đó, lượng rác thải ra của thành phố trung bình từ 60 - 80 tấn/ngày và có xu hướng tăng thêm khi các ngành dịch vụ, du lịch tiếp tục phát triển nhanh như hiện nay. Ngoài ra, tại bãi rác tập kết của thành phố tại phường Cẩm Hà đang còn tồn đọng hơn 80 ngàn tấn rác chủ yếu là rác thải vô cơ, chất thải rắn chưa thể xử lý đang gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, khiến hơn 400 hộ dân ở khu vực này rất bức xúc. Mới đây, TP. Hội An đã xây dựng và đưa vào sử dụng nhà máy xử lý nước thải ở phường Cẩm Thanh từ nguồn vốn ODA do Chính phủ Pháp tài trợ hơn 94 tỷ đồng, có công suất 6.750m3/ngày đêm. Tuy nhiên, nhà máy này cũng chỉ đáp ứng được 40% tổng lượng nước thải toàn thành phố (tập trung chủ yếu cho các phường Minh An, Cẩm Phô, Sơn Phong và một phần của Tân An, Cẩm Châu). 
Bãi rác hơn 80 ngàn tấn tồn đọng nhiều năm nay tại Phường Cẩm Hà, TP. Hội An nhưng vẫn chưa được xử lý đang gây ô nhiễm nghiêm trọng Ngoài ra, từ dự án tài trợ không hoàn lại của Chính phủ Nhật Bản khoảng 220 tỷ đồng, chính quyền thành phố đã tổ chức mở thầu tại Nhật Bản để chọn đơn vị thi công xây dựng nhà máy tại khu vực Chùa Cầu vào đầu năm 2017. Dự kiến đến cuối năm 2017 sẽ hoàn thành và đưa vào sử dụng để giải quyết thêm 20% lượng nước thải của thành phố, đặc biệt tại khu vực Chùa Cầu đang bị ô nhiễm nghiêm trọng. Ông Nguyễn Văn Sơn - Phó Chủ tịch UBND thành phố Hội An cho biết: TP. Hội An đã quy hoạch chuẩn bị xây dựng thêm một số trạm xử lý nước thải tại khu dân cư làng chài, các khu dân cư tập trung nhằm giải quyết cơ bản vấn đề nước thải. Cùng với việc đầu tư các dự án giải quyết vấn đề rác thải, nước thải, TP. Hội An đã phát động nhiều chương trình hoạt động như: chương trình phân loại rác tại nguồn, thu gom và đổ rác đúng nơi quy định, “nói không” và giảm thiểu sử dụng túi nilon, hưởng ứng “Giờ trái đất” hàng năm, vận động không rải gạo muối, không đốt vàng mã trên đường đưa tang, xây dựng “Thành phố du lịch không khói thuốc lá", đã nhận được sự hưởng ứng tích cực của nhân dân và các doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh dịch vụ trên địa bàn. 
Kênh thoát nước dưới Chùa Cầu đang bị ô nhiễm nghiêm trọng Định hướng trong thời gian tới về các chương trình bảo vệ môi trường, TP. Hội An sẽ ưu tiên đối với các doanh nghiệp đầu tư sử dụng thiết bị bền vững, xây dựng hệ thống xử lý nước thải trong từng dự án. Các ngành chức năng của thành phố sẽ theo dõi chặt chẽ, buộc các doanh nghiệp khi xây dựng khách sạn, khu nghỉ dưỡng, phải sử dụng những thiết bị hạn chế tối đa tiêu hao năng lượng, sử dụng năng lượng thân thiện, ít phát thải ra môi trường. Dương Bùi
