Rạn san hô nước ta có ở hầu hết các vùng nước nông ven biển, ven đảo là nơi có nền đáy biển chắc. Vị trí sinh tồn này là một trong các nguyên nhân khiến cho rạn san hô dễ bị tàn phá. Rạn san hô được coi là rừng dưới đáy biển, vốn là một trong những hệ sinh thái đa dạng nhất. Hàng trăm loài sinh vật biển như tảo, rong, cua, tôm, cá, tôm hùm, hải sâm, đồi mồi, động vật thân mềm đều chọn cánh rừng san hô làm nơi sinh sống, phát triển loài.
Tuy nhiên, kết quả nghiên cứu và giám sát 7 vùng trọng điểm ven bờ biển gần đây cho thấy, đánh bắt hải sản theo hủy diệt bằng thuốc nổ, chất độc diễn ra phổ biến, làm cho trên 85% rạn san hô bị đe dọa ở mức trung bình cao; khai thác quá mức được coi là mối đe dọa đối với khoảng 50% số rạn san hô; phát triển kinh tế xã hội vùng ven biển ảnh hưởng tới khoảng 40% số rạn san hô; và khoảng 47 rạn san hô bị đe dọa bởi lắng đọng trầm tích.
Thực tế này cho thấy chính con người đã làm cho 50% số rạn san hô bị xếp ở mức đe dọa cao và 17% rạn san hô bị đe dọa ở mức rất cao.
Trong số các loài hải sản bị khai thác cạn kiệt có cả những loài cá, ốc chuyên ăn sao biển gai phát triển với tốc độ cao, có nơi mật độ tăng gấp vài chục lần so với mức bình thường. Đây là đạo quân "ăn tươi nuốt sống" san hô từng ngày.
Theo các chuyên gia về hải dương học, những vùng ven biển thường xuyên bị khai thác bằng thuốc nổ như Nghệ An, Quảng Bình, Thừa Thiên-Huế, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Khánh Hòa, Ninh Thuận là rất đáng lo ngại, vì nguy cơ ô nhiễm môi trường trước mắt và rạn san hô bị tàn phá toàn cục rất khó phục hồi.
Nhiều dự án quốc tế đang triển khai giúp Việt Nam bảo vệ các loài đặc hữu biển, trong đó có việc bảo vệ rạn san hô. Nhiều nước trên thế giới đã phát triển ngành du lịch thám hiểm đáy biển, với những rạn san hô lung linh che chở biết bao loài sinh vật biển. Đáng buồn, rừng san hô - kho dự trữ gen của biển bạc Việt Nam lại đang bị suy kiệt vì cư dân tại chỗ, kể cả cấp chính quyền đã lựa chọn sinh kế trước mắt thay việc tìm cách khai thác nguồn lợi biển một cách khôn ngoan.
