Từ năm 2001, Khu bảo tồn biển Hòn Mun dự án bảo tồn biển đầu tiên ở Việt Nam chính thức ra đời. Dự án do Bộ Thủy sản, Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa và IUCN – Tổ chức bảo tồn thiên nhiên Thế giới thực hiện. Dự án do Quỹ Môi trường toàn cầu thông qua Ngân hàng thế giới; Chính phủ Hoàng Gia Đan Mạch thông qua DANIDA và IUCN – Tổ chức bảo tồn thiên nhiên thế giới tài trợ, cùng với vốn đối ứng của chính phủ Việt Nam.
Khu bảo tồn biển Hòn Mun nằm trong Vịnh Nha Trang bao gồm các đảo như Hòn Tre, Hòn Miễu, Hòn Tằm, Hòn Một, Hòn Mun, Hòn Cau, Hòn Vung, Hòn Rơm, Hòn Nọc và vùng nước xung quanh. Diện tích khoảng 160km2 bao gồm khoảng 38 km2 mặt đất và khoảng 122 km2 vùng nước xung quanh các đảo.Mục đích của dự án nhằm “Bảo tồn một mô hình điển hình về đa dạng sinh học biển có tầm quan trọng quốc tế và đang bị đe dọa” và đạt được các mục tiêu “giúp các cộng đồng dân cư tại các đảo nâng cao đời sống và cộng tác với các bên liên quan khác để bảo vệ và quản lý có hiệu quả đa dạng sinh học biển tại Khu bảo tồn biển Hòn Mun, tạo nên một mô hình hợp tác quản lý cho các Khu bảo tồn biển của Việt Nam.”Kết quả khảo sát đa dạng sinh học và nơi sinh cư Khu bảo tồn biển cho thấy Hòn Mun là nơi có rạn san hô phong phú và đa dạng nhất Việt Nam. Nó có tầm vóc quốc tế vì nó có số loài tương tự như ở trung tâm thế giới về đa dạng san hô ở khu vực Ấn Độ-Thái Bình Dương. Và người ta cũng đã tìm thấy 340 trong tổng số hơn 800 loài san hô cứng trên thế giới.
