Theo Chi cục Bảo vệ Môi trường Tây Nam bộ, nguồn nước sông rạch ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) đang bị ô nhiễm với hàm lượng vi khuẩn E.coli cao hơn tiêu chuẩn 2 - 5 lần; hàm lượng nhu cầu oxy sinh học, hóa học (BOD và COD) vượt mức cho phép 1 - 3 lần.
Tổng số chất thải rắn hàng năm của ĐBSCL khoảng 3,7 triệu tấn, nguy hiểm có 40 nghìn tấn rác thải bệnh viện, trong đó 90% chưa được thu gom và xử lý trước khi đổ ra sông, rạch. Các bè cá nuôi trên sông với lượng chất thải trên 3 triệu tấn/năm là nguồn gây ô nhiễm môi trường nước đáng kể. Tập quán sinh hoạt, chủ yếu là thải trực tiếp các chất thải (từ người, gia súc và gia cầm) vào nguồn nước của cư dân cũng làm cho nước mặt ở ĐBSCL có độ nhiễm vi sinh cao với nồng độ Coliform trung bình khoảng 300.000 - 1,5 triệu con/100ml.
Theo Viện Kinh tế – Quy hoạch thủy sản (Bộ NN-PTNT), hàng năm việc nuôi thủy sản ở ĐBSCL thải ra gần 500 triệu mét khối bùn thải và chất thải thủy sản.
Từ thực tế đó, các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) đang tăng cường giáo dục nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường trong cộng đồng dân cư; tăng cường kiểm tra, giám sát về môi trường tại các địa phương, các khu công nghiệp, cơ sở sản xuất kinh doanh; ban hành cơ chế hỗ trợ tài chính trong việc đầu tư xây dựng các hệ thống công nghệ xử lý môi trường tại các khu công nghiệp, trước hết là xử lý rác thải, nước thải.
Các địa phương tuân thủ nghiêm qui định của pháp luật về bảo vệ môi trường trong thẩm định các dự án đầu tư, trong qui hoạch tổng thể; xây dựng tại đây hệ thống quan trắc cảnh báo môi trường và xây dựng hệ thống xử lý chất thải, trước hết tại các khu công nghiệp và các cơ sở công nghiệp.
Các cơ quan chức năng phối hợp qui hoạch, phát triển các vùng nuôi thủy sản phù hợp với điều kiện tự nhiên, khí hậu của từng khu vực, địa phương và có biện pháp giảm thiếu, tiến tới ngăn chặn phát tán các chất gây ô nhiễm môi trường trong quá trình nuôi; đầu tư xây dựng nhanh hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi trồng thủy sản nước ngọt, mặn, lợ; tăng cường thanh tra, kiểm tra, xử lý nghiêm các cơ sở, cá nhân gây ô nhiễm môi trường.
