Ngày 31/12/2008, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt Dự án Quy hoạch bảo tồn và
phát huy giá trị Khu di tích Mỹ Sơn tỉnh Quảng Nam giai đoạn 2008 - 2020 với
định hướng chiến lược là bảo tồn Khu di tích một cách bền vững, lâu dài, tương
xứng với giá trị và phù hợp với điều kiện môi trường tự nhiên-xã hội.
Khu di tích Mỹ Sơn bao gồm toàn bộ thung lũng Mỹ Sơn giới hạn bằng các đỉnh núi bao quanh thung lũng như đỉnh núi Văn Chỉ, Hòn Ngang, Đá Bèo, Kỳ Vĩ, Mật Mã. Phạm vi nghiên cứu quy hoạch là toàn bộ Khu di tích Mỹ Sơn, các cánh rừng trên sườn núi phía trong thung lũng Mỹ Sơn, khu vực xây dựng các công trình quản lý và dịch vụ thuộc khu Mỹ Sơn - Thạch Bàn với tổng diện tích là 11,58 km2. Mục tiêu đến năm 2012 của Dự án bảo tồn là cứu vãn, ngăn chặn quá trình hủy hoại toàn bộ các di tích hiện còn ở Mỹ Sơn, bảo tồn cảnh quan thiên nhiên toàn khu vực mà trước mắt là ưu tiên bảo tồn các di tích gốc. Đồng thời, đề xuất các giải pháp quản lý và phát huy giá trị Khu di tích phù hợp với điều kiện hiện nay, liên hệ và gắn kết với các quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội khác trong khu vực. Về dài hạn, bảo tồn Khu di tích gắn với việc nâng cao vai trò của cộng đồng, nâng cao điều kiện hưởng thụ văn hóa, góp phần nâng cao đời sống của nhân dân địa phương. Đồng thời, tổ chức quản lý, sử dụng nhằm phát huy các giá trị của Khu di tích, đặc biệt là khai thác tiềm năng về dịch vụ du lịch - văn hóa như một nhân tố tác động tích cực trở lại phục vụ mục đích bảo tồn có hiệu quả Khu di tích, góp phần thực hiện chiến lược phát triển kinh tế - xã hội của địa phương, phát triển bền vững của toàn vùng nói riêng và của cả nước nói chung. Công tác bảo tồn trùng tu di tích bao gồm việc rà phá bom mìn, vật liệu nổ, xử lý chất độc hóa học; phát quang giải tỏa thu gom các thành phần chi tiết của các di tích bị đổ, phát lộ khảo cổ học và gia cố các di tích, tôn tạo, tổ chức không gian các nhóm đền tháp và cải tạo kỹ thuật hạ tầng khu vực di tích... Dự án được chia thành 2 giai đoạn: Giai đoạn I từ 2008-2012, giai đoạn II từ 2013-2020 với tổng kinh phí đầu tư là 282 tỷ đồng, bao gồm nguồn vốn từ ngân sách nhà nước và nguồn tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong nước và quốc tế.
