Ở Sài Gòn, chỉ một năm sau khi buộc nhà Nguyễn “nhượng đất”, viên Phó đô đốc thực dân Lagrandière đã ban hành quyết định thành lập một Vườn Bách thảo và Bách thú vào ngày 10/6/1863. Còn ở Hà Nội, một khu vườn tương tự được khởi công vào năm 1890, tức là chỉ 2 năm sau khi Hà Nội là thành phố nhượng địa của Pháp.
Ban đầu, khu vườn cây trồng và nuôi chim thú này chỉ là một cảnh quan hỗ trợ cho không gian của Phủ Toàn quyền Đông Dương, trên đất của các làng Ngọc Hà, Hữu Tiệp và Khán Xuân.Không gian này bao lấy môt gò núi đất nhỏ mà dân vẫn quen gọi là Núi Nùng, những tên dân gian của nó là Núi Sưa vì trên đó mọc nhiều loại cây này. Trên lưng núi, lại có đền thờ Huyền Thiên Hắc Đế, tuơng truyền là người giúp nhà Lý đánh giặc phương Nam, nên được phong làm thành hoàng của mấy làng trong khu vực. Ngay chân núi lại có mấy hồ nước hơn hẳn vườn ở Sài Gòn. Ở đây từng có một ngôi “đền Hàng Hoa” rất đẹp.
Lúc đó Bách Thảo chỉ là một vườn thí nghiệm, được trao cho một viên dược sĩ hải quân biệt phái về Sở Nông lâm để nghiên cứu phương thức di thực các loại thảo mộc từ nước ngoài, nhất là từ các thuộc địa châu Phi qua để bổ sung cho các loại cây trồng đô thị và phát triển trồng trọt. Dần dà cùng với các giống cây, ngày một phong phú là một số thú nuôi thích hợp như hươu nai, đặc biệt thu hút người xem là gấu, cọp và voi cùng nhiều loại chim muông nên Vườn còn được gọi là Bách Thú.
Cạnh Bách Thảo còn có một trại giống, chuyên ươm các các loại cây và hoa gần gũi với người nhu cầu của người Âu được đưa từ nước ngoài qua trồng thử rồi nhân rộng, khiến các làng Ngọc Hà, Hữu Tiệp càng trở nên rực rỡ sắc màu hoa lá và phát triển nghề nghiệp bên cạnh những loài hoa truyền thống.
Sức ép đô thị hoá và của chính các công thự của Phủ Toàn quyền khiến vườn không mở rộng được không gian, nhưng nó đã có một bộ sưu tập quý giá và phong phú mà nhiều cây nay đã thành cổ thụ một người ôm không xuể. Vườn Bách Thảo và cũng còn gọi là Bách Thú tuy không lớn lắm, những cảnh quan và bóng mát của nó thu hút người đến thưởng ngoạn ngày một đông, khiến cho một thời, người phương xa đã đến Hà Nội là phải đi hóng mát Hồ Gươm, ghé Chợ Đồng Xuân và thăm Vườn Bách Thảo mới là “đủ món”.
