Là địa phương duy nhất trong cả nước có 3 mặt giáp biển, 98% diện tích ngập nước tự nhiên, Cà Mau có đủ 3 hệ sinh thái nước ngọt, nước lợ và nước mặn, giàu tài nguyên thiên nhiên vào loại hàng đầu của nước ta. Mới đây nhất, vùng đất ngập nước này còn được đề cử xây dựng thành Khu Dự trữ sinh quyển Mũi Cà Mau.
Hiện tại, Cà Mau đang có hai Vườn Quốc gia là Mũi Cà Mau và U Minh Hạ. Riêng Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau là điểm quan trọng thuộc Chương trình Bảo tồn đa dạng sinh học có giá trị bảo tồn nguồn gen quí hiếm của cả nước với 22 loài thực vật ngập mặn, 13 loài thú, 74 loài chim, 17 loài bò sát và 133 loài động vật phiêu sinh.
Nhưng do thiếu qui hoạch, việc bảo tồn, khai thác đa dạng sinh học tại đây đang gặp nhiều trắc trở. Cùng với quá trình phát triển kinh tế xã hội, vùng sinh thái ngọt, lợ và các hệ sinh thái đặc trưng, làm mất dần nơi cư trú của nhiều giống loài và làm mất đi một số giống loài. Đặc biệt việc khai thác lâm sản quá mức làm cho rừng ở nhiều vùng bị xé lẻ, không còn khả năng hỗ trợ tạo sinh cảnh phong phú như trước.
Chỉ riêng việc phát triển nuôi tôm quá mức, từ 22.500 ha năm 1983 lên 153.373 ha năm 2006 và tăng vọt lên 23.1073 ha năm 2008, trong khi chưa cân nhắc đầy đủ lợi ích kinh tế với chi phí đầu tư cơ sở hạ tầng kỹ thuật, dịch vụ và công tác bảo vệ môi trường đã làm cho vùng bờ biển, rừng phòng hộ bị suy giảm nghiêm trọng.
Bên cạnh đó, chất thải từ các khu đô thị, cơ sở công nghiệp, bệnh viện, các cơ sở sản xuất kinh doanh, dịch vụ, cảng biển, khu du lịch sinh thái ngày đêm xả nước thải chưa qua xử lý đã gây nên các hiện tượng ô nhiễm môi trường kéo dài, lan rộng làm biến dạng các hệ sinh thái ven biển.
Những ảnh hưởng của biến đổi khí hậu làm dâng cao chế độ triều của biển, dẫn đến hiện tượng xâm mặn ngày càng đi sâu hơn vào các vùng sinh thái ngọt, lợ, khiến cho Cà Mau có tới 57,73% đất nhiễm phèn, 40,1% đất nhiễm mặn, và làm thay đổi bản chất môi trường nước trên địa bàn.
Hậu họa từ những ảnh hưởng trên đã và đang làm cho đa dạng sinh học tại Cà Mau bị suy giảm cả về chủng loại và cá thể đối với các loài cả loài trên cạn, ven biển và biển. Một thực tế ai cũng nhìn thấy là trữ lượng, sản lượng thuỷ hải sản đang ít dần. Theo các nhà khoa học, có tới 18 loài động vật có nguy cơ bị tiêu diệt, 25 loài nguy cấp, 27 loài quí hiếm và 21 loài khác đang bị đe doạ nghiêm trọng.
Thực tế này đang thôi thúc lãnh đạo, các ngành tại Cà Mau đồng tâm hiệp lực trong việc xây dựng đề án bảo tồn và sử dụng bền vững đa dạng sinh học trên địa bàn như một động lực phát triển kinh tế xã hội dài lâu.
