Theo kết quả nghiên cứu của Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga, tại vịnh Nha Trang đã xác định được 2 quần xã san hô là Acropora - Motipora (chiếm hơn 40%); Motipora - Alcyonaria (chiếm 10-51%) với hơn 350 loài.
Qua khảo sát tại các điểm Hòn Một, Hòn Mun, Đầm Bấy, Bắc Hòn Tre, Rạn Cạn… các tập hợp san hô đều ở trong trạng thái phát triển kém, độ che phủ trung bình dao động từ 20 - 100%, trong đó độ che phủ san hô sống chỉ 24 - 40%. Các rạn san hô sống chỉ quan sát thấy ở các khu vực có độ sâu 7-10m (trừ khu vực Hòn Mun và các điểm xa bờ), còn lại những nơi sâu hơn là các bãi san hô chết do bị bùn, cát bồi lấp tới 30-40% diện tích đáy.
Nguyên nhân của sự suy giảm lớp phủ san hô trong vịnh Nha Trang là do việc khai thác san hô sống làm vật cảnh, làm đồ lưu niệm, khai thác cá quá mức, tàu thuyền du lịch neo đậu… và ô nhiễm môi trường từ rác thải sinh hoạt, sản xuất công nghiệp, nuôi trồng thủy sản.
