Các nghiên cứu gần đây của Viện Hải dương học Nha Trang (Khánh Hòa) cho thấy, Khánh Hòa là địa phương có đa dạng sinh học (ĐDSH) biển cao hứa hẹn mang lại nguồn lợi kinh tế biển rất lớn.
Hiện diện tích rừng ngập mặn của tỉnh có hơn 104ha nhưng có đến 34 loài cỏ biển. Thảm cỏ biển cũng ghi nhận có 12 loài cỏ biển với diện tích hơn 1.800ha. Hệ sinh thái thảm cỏ biển cũng rất đa dạng về thành phần nguồn lợi như: 134 loài cá, 40 loài giáp xác, 23 loài thân mềm, 10 loài da gai...
Ngoài ra, chỉ riêng vịnh Nha Trang có 11 loài thú biển, phổ biến là loài Sousa chinensis và Steno bredanensis, ngoài ra còn có 2 loài rùa biển là vích và đồi mồi. Các nhóm sinh vật đáy ưu thế biển sâu cũng rất đa dạng. Giáp xác gồm: Isopods và Amphipods 30 - 50%; giun nhiều tơ 40 - 80%; hải sâm kích thước lớn 30 - 80%.. Ngoài ra, còn có các loài sao biển, cầu gai, hải miên, hải quỳ...
Tuy nhiên, ĐDSH biển Khánh Hòa đang đứng trước nhiều nguy cơ, đặc biệt là do tình trạng khai thác quá mức nguồn lợi thủy sản, nạn khai thác hủy diệt (bằng chất nổ, xung điện, giã cào...).
Để bảo tồn ĐDSH, theo TS Nguyễn Văn Long (Viện Hải dương học Nha Trang), cần xây dựng cơ sở khoa học cho việc quản lý hiệu quả tài nguyên ĐDSH; thiết lập, phân vùng chức năng và xây dựng phương án quản lý phù hợp; thiết lập mạng lưới các khu bảo tồn quy mô nhỏ và đa dạng hóa phương thức quản lý. Bên cạnh đó, phục hồi hệ sinh thái và tạo điểm đến mới cho khách du lịch; nâng cao nhận thức và trách nhiệm các bên liên quan về bảo tồn và sử dụng bền vững tài nguyên thiên nhiên; giám sát và đánh giá hiệu quả tài nguyên thiên nhiên...
