Hiện nay, trong các khu công nghiệp của tỉnh Bắc Ninh phần lớn chưa có nơi lưu giữ và phân loại chất thải tập trung, các doanh nghiệp thứ cấp tự phân loại chất thải ngay tại nguồn, tự bố trí khu lưu giữ các loại chất thải riêng biệt…trước khi các đơn vị chức năng chuyển đi xử lý định kỳ. Toàn tỉnh mới có 3 khu công nghiệp là KCN Tiên Sơn, KCN Quế Võ, KCN Yên Phong xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung, 5 khu công nghiệp khác đang tiến hành xây dựng cơ sở hạ tầng hoặc đang tiếp tục hoàn thiện hệ thống xử lý nước thải.
Mặc dù BQLCKCN tỉnh Bắc Ninh hàng năm có kiểm tra, hướng dẫn các doanh nghiệp nhận biết các loại chất thải nguy hại, thông thường và hướng dẫn thu gom, lưu giữ đối với từng loại chất thải này; đồng thời yêu cầu, đôn đốc các doanh nghiệp đấu nối nước thải vào hệ thống thu gom nước thải của khu công nghiệp... song nguồn thải tại các khu công nghiệp như hiện nay sẽ không tránh khỏi nguy cơ gây ô nhiễm môi trường. Chẳng hạn, do kiểm tra, giám sát chưa chặt chẽ nên Công ty TNHH Longtech Precision Việt Nam đã xả nước thải chưa qua xử lý trực tiếp ra môi trường gây ảnh hưởng đến sức khỏe của người dân. Nhằm giảm thiểu ô nhiễm tại các khu công nghiệp, BQLCKCN tỉnh Bắc Ninh tham mưu UBND tỉnh lựa chọn các chủ đầu tư hạ tầng có kinh nghiệm, tiềm năng, có công nghệ hiện đại ít gây ảnh hưởng đến môi trường để làm chủ hạ tầng các khu công nghiệp; lựa chọn các ngành công nghệ cao vào đầu tư; tham mưu UBND tỉnh chỉ đạo các chủ đầu tư hạ tầng khu công nghiệp xây dựng hệ thống thu gom và xử lý nước thải tổng thể đảm bảo đạt Quy chuẩn Việt Nam hiện hành; tăng cường công tác hậu kiểm ĐTM, chỉ cho phép các dự án đầu tư khi đã thực hiện đúng các quy định về môi trường; đồng thời phối hợp với các Sở, ban ngành liên quan tăng cường kiểm tra, thanh tra và xử lý nghiêm các hành vi, các doanh nghiệp tại các khu công nghiệp vi phạm Luật Bảo vệ môi trường.
